Ve Stargate San Andreas Rebellion se mění kompletně celá dějová linie. Původní děj je o tom, že Goa'uld Ra začíná obsazovat San Andreas. Nyní se bude děj vyvíjet stejně jako ve Stargate SG-1, Atlantis a Universe. Vesmír nebude omezen pouze na Mléčnou dráhu, ale také se podívate i do galaxie Pegas. Celkem bude k dispozici 21 bran (planet). Hotových je už 11 z Mléčné dráhy, 2 z Pegasu a 2 z SGU. Atlantida je stále ve výstavbě a to platí i pro Destiny. Ze San Andreas byly odstraněny Hataky, Rebell base, ad. Hvězdná brána zůstala zachována, ale přestěhovala se do Oblasti 51. Aby autoři zachovali moment překvapení, tak nebudou zveřejňovat všechny obrázky z vytvořených světů. Název módu prozatím zůstává stejný.